按照“改革目的”的要求，提高监管水平。以保障人民群众食品药品安全为目标，以转变政府职能为核心，以整合监管职能和机构为重点，根据精简、统一、效能的原则，优化资源配置、减少监管环节、明确部门责任，对生产、流通、消费环节的食品和药品的安全性、有效性实施统一监督管理，充实和加强基层监管力量，建立一体化、广覆盖、专业化、高效率的食品药品监管体系，切实解决职责交叉和监管空白问题，进一步提高食品药品监督管理水平。
按照“权责一致”的要求，调整四项职责。一是将“多个部门监管”的食品药品安全监管职能整合到食品药品监督管理部门；二是将屠宰监管职能划转畜牧部门；三是增加公安部门对食品药品犯罪案件的侦办职能；四是组建食品药品综合公共检验检测机构。
按照“编随事走”的要求，划转五类编制。一是将质监部门涉及生产环节食品安全监管执法人员、编制和相关经费、工商行政管理部门涉及流通环节食品安全监管执法人员、编制和相关经费、卫生监督部门涉及食品卫生许可、餐饮业、食堂等餐饮服务环节食品安全监管执法、以及保健食品、化妆品卫生监管执法的人员、编制和相关经费，一并划转到食品药品监督管理部门及执法机构；二是将商务部门及下属机构承担生猪定点屠宰监管职能、人员，划转到畜牧部门。
按照“关口前移”的要求，设立两类机构。一是组建食品药品监管执法机构，即“一支队伍、一级执法”；二是设立乡镇食品药品监督管理派出机构，实行“纵向到底，横向到边”的监管体系。
按照“行业自律”的要求，强化组织管理。一是明确要求在改革未完成前，食药、工商、质监、卫生的监管职能暂保持不变，确保思想不乱、队伍不散、工作不断，保证各项工作正常运转，及时处理食品药品安全突发事件，实现与新组建的食品药品安全监管执法机构的平稳过渡。二是加快建立健全食品医药行业社会组织管理体制，健全体制制度，完善内部治理结构，促进食品药品监管工作健康有序发展。
按照“分级负责”的要求，加强组织领导。食品药品安全是重大的基本民生问题、重大的经济问题和重大的政治问题。一是实行县委、县政府统一领导，县食品药品监管机构改革领导小组具体负责，领导小组办公室（设县编办）承担具体工作任务。二是各乡镇、县直有关部门主要领导为第一责任人，分管领导为具体负责人，严格按照县食品药品监管体制改革实施方案，精心组织，认真落实，确保按时、按要求完成改革工作。
